Ernst Müller studierte Philosophie an der Humboldt-Universität zu Berlin, wo er 1987 mit einer Arbeit über Friedrich Schleiermachers Philosophie, Religion und Politik im Frühliberalismus promovierte, danach Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Akademie der Wissenschaften und am Projekt Ästhetische Grundbegriffe, Assistent am Institut für Philosophie der Humboldt-Universität, Mitarbeit im Projekt Dialektik der Säkularisierung am Zentrum für Literatur- und Kulturforschung in Berlin. Gegenwärtig ist er dort Leiter des Projekts Figuren des Wissens. Begriffsgeschichte nach dem cultural turn. Er ist Privatdozent am Institut für Philosophie der Humboldt-Universität zu Berlin. Zu seinen Arbeitsgebieten zählen Geschichte der Philosophie, insbesondere Ästhetik, Religionsphilosophie, Hermeneutik, Deutscher Idealismus und Romantik, Bildungs- und Universitätsgeschichte, Theorie der Begriffsgeschichte. Neben zahlreichen Artikeln und Herausgeberschaften hat er insbesondere das Buch Kunstreligion und ästhetische Religiosität. In den Philosophien von der Aufklärung bis zum Ausgang des deutschen Idealismus, 2004, veröffentlicht.